Chi Cục Quản lý chất lượng và Bảo vệ nguồn lợi thủy sản là đơn vị sự nghiệp có thu, có tư cách pháp nhân, có con dấu, được giao biên chế, kinh phí hoạt động từ ngân sách nhà nước và mở tài khoản tại kho bạc Nhà nước thành phố
Chi Cục có chức năng giúp Sở Nông Nghiệp và Phát triển Nông thôn quản lý nhà nước về các lĩnh vực: Quản lý chất lượng, an toàn vệ sinh, thú y thủy sản; Khai thác và bảo vệ nguồn lợi thủy sản; Đăng ký, đăng kiểm tàu cá bảo đảm an toàn cho người và phương tiện hoạt động nghề cá trên địa bàn thành phố Hồ Chí Minh.
Hiên nay, trụ sở của Chi Cục Quản lý chất lượng và Bảo vệ nguồn lợi thủy sản vẫn đặt tại số 126H Phan Đăng Lưu, phường 3, quận Phú Nhuận, thành phố Hồ Chí Minh