Rừng phòng hộ Cần Giờ đã được Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ) công nhận là rừng phòng hộ Quốc gia từ năm 1991 và được tổ chức quản lý từ năm 1993; đã có phân chia ranh giới theo các đơn vị quản lý rừng từ lô, khoảnh đến tiểu khu; đã lập và áp dụng quy định hệ thống quản lý rừng theo Phương án điều chế rừng và ghi chép cập nhật theo sổ kinh doanh rừng. Sau 30 năm trồng rừng, quản lý và bảo vệ, đến nay hệ sinh thái rừng ngập mặn Cần Giờ đã được phục hồi và tiếp tục phát triển, đem lại nhiều lợi ích cho địa phương và cộng đồng dân cư trong và ngoài thành phố.
Từ năm 1987 đến nay, trên diện tích rừng và đất lâm nghiệp thuộc khu vực rừng phòng hộ Cần Giờ là 33.080,89 ha (theo Quyết định số 125/2007/QĐ-UBND ngày 12/10/2007 và Quyết định số 1781/QĐ-UBND ngày 22/4/2008 của Ủy ban nhân dân thành phố). Ủy ban nhân dân thành phố đã có Quyết định giao đất cho 08 đơn vị làm nhiệm vụ kinh tế, giáo dục, cải tạo các đối tượng xã hội, tham gia trồng rừng và làm nhiệm vụ an ninh quốc phòng. Một số đơn vị được giao rừng và đất lâm nghiệp khá lớn như: Tổng đội 1 Thanh niên Xung phong thành phố được giao diện tích tự nhiên là 8.254,07 ha, diện tích có rừng 5.847,58 ha; Nông trường Duyên Hải quận Gò Vấp diện tích tự nhiên 1.389,06 ha, diện tích có rừng là 1.314,53 ha; Nông trường quận 11 diện tích tự nhiên là 1.862,22 ha, diện tích có rừng là 1.269,29 ha; Cty Lâm viên huyện Cần Giờ diện tích tự nhiên là 1.923,00 ha, diện tích có rừng là 1.698,91 ha, Xí nghiệp Sản xuất Công nông nghiệp 87- Bộ Chỉ huy Quân sự thành phố diện tích tự nhiên là 1.756,00 ha, diện tích có rừng là 1.177,42 ha, …
Ban Quản lý rừng phòng hộ Cần Giờ không thể thực hiện chức năng của chủ rừng, quản lý các hoạt động kinh doanh, dịch vụ trong phạm vi rừng phòng hộ do các đơn vị trên đã có Quyết định của Ủy ban nhân dân thành phố giao đất, giao rừng.
Trên cơ sở Luật Bảo vệ và Phát triển rừng ban hành năm 2004, các quy định của Chính phủ, hướng dẫn của Bộ Nông nghiệp và PTNT và chủ trương của Ủy ban nhân dân thành phố phê duyệt kết quả rà soát và quy hoạch lại 3 loại rừng tại TP Hồ Chí Minh theo Chỉ thị số 38/2005/CT-TTg của Thủ tướng Chính phủ, Chủ tịch Ủy ban nhân dân Thành phố Lê Hoàng Quân đã giao Sở Nông nghiệp và PTNT chủ trì, phối hợp với Ủy ban nhân dân huyện Cần Giờ xây dựng Phương án tổ chức quản lý thống nhất rừng phòng hộ Cần Giờ (Thông báo số 214/TB-VP ngày 17/3/2008 của Văn phòng Hội đồng nhân dân và Ủy ban nhân dân thành phố).
Ủy ban nhân dân huyện Cần Giờ đã có đề xuất các phương án để thu hồi các quyết định giao cấp rừng và đất lâm nghiệp khu vực rừng phòng hộ Cần Giờ trên quan điểm chỉ thu hồi các quyết định giao đất, không thu hồi toàn bộ tài sản đầu tư trên đất của các đơn vị; các đơn vị vẫn tiếp tục nhận khoán quản lý bảo vệ rừng với Ban Quản lý rừng phòng hộ Cần Giờ như trước tới nay, đối với các đơn vị chỉ chủ yếu quản lý bảo vệ rừng, không có nhu cầu kinh doanh, sản xuất trên lĩnh vực nào khác.
Các đơn vị ngoài nhiệm vụ quản lý bảo vệ rừng còn khai thác du lịch sinh thái dựa vào cảnh quan của rừng phòng hộ sẽ phải chuyển diện tích rừng đang khai thác du lịch sinh thái (cảnh quan rừng, tài nguyên động vật hoang dã, …) sang hình thức thuê cảnh quan và đơn vị không được hưởng kinh phí bảo vệ rừng trên diện tích này.
Trường hợp đơn vị không tiếp tục nhận khoán quản lý bảo vệ rừng mà đồng ý bàn giao toàn bộ diện tích, tài sản đầu tư, kể cả tổ chức nhân sự; Ban Quản lý rừng phòng hộ Cần Giờ sẽ tiếp nhận nguyên canh, nguyên cư của đơn vị đó để tiếp tục tổ chức quản lý bảo vệ rừng; việc kiểm kê, đánh giá tài sản của đơn vị đã đầu tư trên đất sẽ được Hội đồng thẩm định gồm: Ủy ban nhân dân huyện Cần Giờ, Sở Nông nghiệp và PTNT, Sở Tài chính thẩm định, đề xuất biện pháp giải quyết, trình Ủy ban nhân dân thành phố quyết định.
Ngày 6/8/2008, Sở Nông nghiệp và PTNT đã chủ trì cuộc họp với các đơn vị đang quản lý rừng và đất rừng phòng hộ để xem xét các phương án theo đề xuất của Ủy ban nhân dân huyện Cần Giờ; đồng thời, chỉ đạo huyện Cần Giờ nghiên cứu các ý kiến của các đơn vị được Ủy ban nhân dân thành phố có quyết định giao đất để hoàn chỉnh lại phương án, có đề xuất cụ thể. Việc triển khai thực hiện phương án thống nhất tổ chức quản lý rừng phòng hộ Cần Giờ dự kiến thực hiện trong 12 tháng sau khi Ủy ban nhân dân thành phố phê duyệt chính thức phương án và do tổ công tác gồm đại diện lãnh đạo các Sở Nông nghiệp và PTNT, Sở Tài nguyên và Môi trường, Ủy ban nhân dân huyện Cần Giờ, Sở Tài chính và cán bộ các đơn vị như Chi cục Kiểm lâm, Chi cục Lâm nghiệp, Ban Quản lý Rừng phòng hộ Cần Giờ triển khai thực hiện.
Phòng Kế hoạch Tài chính Sở